Linux e la ricerca…quale distro?

Qualche giorno fa ho provato ad installare alcuni degli applicativi che uso più frequentemente (R, MikTex etc) sulla mia feisty fawn casalinga (ovvero non a lavoro … sarei ancora nominalmente in ferie :D). Ho spostato il puntatore verso synaptic e, preso da una pigrizia di quelle che capitano solo a tre giorni dalla ripresa, mi son detto: “Ma possibile che non ci sia una distribuzione con R e BioC inclusi?”. Il fidato box di ricerca “G” della volpe ha fatto il resto e mi ha fatto scoprire un paio di distro davvero interessanti (leggi: “adatte al pigro più pigro che è in te!”).
La prima è “Scientific Linux“, nome indecifrabile per una distro firmata CERN di Gineva + Fermi Lab…ho detto tutto, anzi no: è possibile anche scaricare la versione live come per ogni distribuzione che si rispetti!
La seconda, forse ancora più adatta a chi vuole tutto e subito, anche da una live, si chiama Quantian ed è zeppa di pacchetti davvero indispensabili, tutto, ovviamente, anche live! In questa distribuzione sono presenti, oltre ad R/BioC e Lyx, anche Ostave e SciLab, due MATLAB in versione free, un gran numero di utility per la visualizzazione dei dati (gnuplot compreso), vari tool come Clustalw, Blast e, soprattutto, openMosix (che sta per chiudere😦 ) la kernel patch che consente di ottenere configurazioni cluster in pochi passaggi (Knoppix, su cui Quantian si basa, integra nativamente clusterKnoppix). Davvero eccellente!
Le sto provando entrambe ma per ora Quantian sembra essere la migliore…vorrei soltanto capire perchè l’ultima release risale a più di un anno fa!😐

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2 commenti su “Linux e la ricerca…quale distro?”

  1. dalloliogm Says:

    devo confessare che da un paio di giorni sto provando Ubuntu!!
    Abbi pazienza, ma ho bisogno di parlarne con qualcuno.. sob🙂

    Già mi manca Debian: però dovevo cambiare filesystem da tempo (reiser iniziava ad avere le visioni), e mi sono detto che visto che la comunità di Ubuntu sta facendo un bel po’ di sforzi, valeva la pena tentare.

    Cmq non é che le distro linux siano messe troppo male: almeno in Debian R si trova (pacchetto r-base), e ci sono parecchi tool utili, anche se alcuni non sono aggiornati.

    Io credo che la distro più diffusa in bioinfo sia Fedora.. non mi é molto chiaro il perché, ma credo che sia per le certificazioni di Red Hat che la rendono più adatta ad una impresa.

    ciao!
    Appena ho tempo rispondo al tuo messaggio: scusa ma questa settimana mi sono preso un’influenza allucinante!

  2. Filippo Says:

    ciao giovanni,

    devo ammettere che sono sempre stato attratto da ubuntu…per una serie di motivi. Il vero “problema” di ubuntu è che si tratta di una distro “general purpose” (passami il termine) e per questo di specifico c’è ancora poco. Comunque mi sembra che con Scientific Linux questo gap sia destinato ad essere colmato…speriamo anche per la bioinformatica!
    ciao!
    p.s. non ti preoccupare per la mail…pensa a rimetterti😉


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