Archivio per agosto 2007

Creare un package in R: la guida aggiornata!

agosto 24, 2007

Qualche giorno fa ho avuto la necessità di creare un package per R. Avevo bisogno, in particolare, di riprendere alcune funzioni di Biobase e cluster di Bioconductor per ricompilare i pacchetti clusterv e mosclust sviluppati dal Prof. Valentini dell’Università di Milano.
Non avevo mai assemblato un pacchetto da zero sino a quel momento e devo dire che reperire informazioni su come farlo non è stato molto difficile. Nel deposito ufficiale del CRAN è infatti reperibile il file Frascati-Rpackages.pdf che ho provveduto a portare sul server locale in modo che rimanga permanentemente disponibile. Nel file viene spiegato passo passo come creare un package per R da zero…l’unico problemino è che è rimasto alla versione 2.3.1 (sono attualmente disponibili le versioni 2.5.1 e 2.6-developer di R). Per questo motivo riporto qui alcune integrazioni ai punti salienti della guida.
In primo luogo è necessario scaricare Rtools pacchetto che provvede ad installare gran parte dei tool necessari alla creazione di pacchetti per (compreso Perl!). Installate il software e poi scaricate il compilatore latex MikTex, il compilatore per pagine di help di Microsoft ed il file Rd.sty.
Installate i programmi e aggiungete R alla variabile di ambiente Path (la trovate nel menù “Variabili di Ambiente” cliccando con il tasto di dx su “Risorse del Computer”–>”Proprietà”–>”Avanzate”). A questo punto, potete continuare a seguire il tutorial di cui parlavo prima dal punto 5 del paragrafo 2.
HTH 🙂

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Protopage…ecco il desktop web 2.0

agosto 15, 2007

Si è fatto un gran parlare, negli ultimi mesi della “rivoluzione del web 2.0”. Si tratta di un concetto nuovo che riguarda contenuti e produttività web e che estende agli utilizzatori il compito di riempire quel mega contenitore che è la rete. Qualcuno parla di “democraticizzazione del web”…io non condivido quest’ottica anche se sono convinto che un maggiore coinvolgimento degli internauti nella produzione di ciò di cui fruiscono sia un ottimo spunto di crescita comune.
A parte le chiacchiere (:-D), ho trovato questo interessante progetto: Protopage. In pratica è possibile creare una propria pagina senza bisogno di conoscere alcun linguaggio di programmazione o scripting. In più è possibile impostare la propria pagina come una vera e propria scrivania da convidere con gli altri con appuntamenti, to-do list e quant’altro…ci sono anche alcuni giochi molto simpatici. Questo è il mio modo di vedere il web 2.0: un posto in cui tutti possono condividere con gli altri idee, pensieri e, perchè no, anche il lavoro!
Questa è la pagina che ho creato: per ora non c’è molto ma vorrei farla diventare un’estensione del blog del gruppo di bioinformatica su Openwetware. A proposito, qualcuno ha notizie del prossimo BioSysBio!?! 🙂

A very bad day…

agosto 7, 2007


You had a bad day
You’re taking one down
You sing a sad song
just to turn it around
You say you don’t know
You tell me don’t lie
You work at a smile
and you go for a ride
You had a bad day
The camera don’t lie
You’re coming back down
and you really don’t mind
You had a bad day

Borse di studio

agosto 4, 2007

Presso l’ Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico di Bari (IRCCS “Giovanni Paolo II”) sono disponibili 14 borse di studio per titoli. Tra le posizioni disponibili ci sono anche alcune riguardanti farmacologia e oncologia clinica sperimentale. Trovate tutti i particolari a questo indirizzo:

http://oncologico.bari.it/ricerca/Bando_selezione_Borse_Studio.html