Archivio per luglio 2007

Bio++: C++ bioinformatics made easy!

luglio 28, 2007

Continua la saga dei linguaggi di programmazione per la bioinformatica e così, dopo Bio-Java, Bio-Python & Co. ecco Bio++, il set di liberie di bioinformatica per C++. A destare il mio interesse, francamente, più che il progetto in sè, è la politica di licensing scelta: CeCill.
Non mi sembra che queste librerie abbiamo funzioni che si distinguono per unicità quindi penso che sia un progetto pensato per coloro che hanno una conoscenza approfondita ma limitata al linguaggio di programmazione C++ e che non hanno tempo/voglia per imparare altri linguaggi di programmazione per i quali già esistono progetti simili.
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Oscar il gatto

luglio 27, 2007

A Day in the Life of Oscar the Cat
di David M. Dosa

Oscar the Cat awakens from his nap, opening a single eye to survey his kingdom. He sits up and considers his next move. In the distance, a resident approaches. It is Mrs. P., who has been living on the dementia unit’s third floor for 3 years now. She has long forgotten her family, even though they visit her almost daily. She glides toward Oscar, pushing her walker and muttering to herself with complete disregard for her surroundings. Perturbed, Oscar watches her carefully and, as she walks by, lets out a gentle hiss, a rattlesnake-like warning that says “leave me alone.” She passes him without a glance and continues down the hallway. Oscar is relieved. It is not yet Mrs. P.’s time, and he wants nothing to do with her.
Oscar jumps down off the desk, relieved to be once more alone and in control of his domain.Oscar decides to head down the west wing first, along the way sidestepping Mr. S., who is slumped over on a couch in the hallway. With lips slightly pursed, he snores peacefully — perhaps blissfully unaware of where he is now living. Oscar continues down the hallway until he reaches its end and Room 310. The door is closed, so Oscar sits and waits. He has important business here.
Making his way back up the hallway, Oscar arrives at Room 313. The door is open, and he proceeds inside. Mrs. K. is resting peacefully in her bed, her breathing steady but shallow. She is surrounded by photographs of her grandchildren and one from her wedding day. Despite these keepsakes, she is alone. Oscar jumps onto her bed and again sniffs the air. He pauses to consider the situation, and then turns around twice before curling up beside Mrs. K.
One hour passes. Oscar waits. A nurse walks into the room to check on her patient. She pauses to note Oscar’s presence. Concerned, she hurriedly leaves the room and returns to her desk. She grabs Mrs. K.’s chart off the medical-records rack and begins to make phone calls.
Within a half hour the family starts to arrive. Chairs are brought into the room, where the relatives begin their vigil. The priest is called to deliver last rites. And still, Oscar has not budged, instead purring and gently nuzzling Mrs. K. A young grandson asks his mother, “What is the cat doing here?” The mother, fighting back tears, tells him, “He is here to help Grandma get to heaven.” Thirty minutes later, Mrs. K. takes her last earthly breath. With this, Oscar sits up, looks around, then departs the room so quietly that the grieving family barely notices.

NEJM Volume 357:328-329 – July 26, 2007 Number 4

Nucleic Acid Research: web server issue

luglio 26, 2007

E’ on line la nuova issue di NAR interamente dedicata ai sistemi web based per la bioinformatica. Questi i paper più interessanti:

Joanne A. Fox, Scott McMillan, and B. F. Francis Ouellette Conducting Research on the Web: 2007 Update for the Bioinformatics Links Directory [Abstract]

-José M. Fernández, Robert Hoffmann, and Alfonso Valencia iHOP web services [Abstract]

-Ramón Díaz-Uriarte, Andreu Alibés, Edward R. Morrissey, Andrés Cañada, Oscar M. Rueda, and Mariana L. Neves Asterias: integrated analysis of expression and aCGH data using an open-source, web-based, parallelized software suite [Abstract]

-Lucía Conde, David Montaner, Jordi Burguet-Castell, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Fátima Al-Shahrour, and Joaquín Dopazo ISACGH: a web-based environment for the analysis of Array CGH and gene expression which includes functional profiling [Abstract]

-Hubert Rehrauer, Stefan Zoller, and Ralph Schlapbach MAGMA: analysis of two-channel microarrays made easy [Abstract]

-Fátima Al-Shahrour, Pablo Minguez, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Eva Alloza, David Montaner, and Joaquín Dopazo FatiGO +: a functional profiling tool for genomic data. Integration of functional annotation, regulatory motifs and interaction data with microarray experiments [Abstract]

-Nicolas Goffard and Georg Weiller PathExpress: a web-based tool to identify relevant pathways in gene expression data [Abstract]

– Christina Backes, Andreas Keller, Jan Kuentzer, Benny Kneissl, Nicole Comtesse, Yasser A. Elnakady, Rolf Müller, Eckart Meese, and Hans-Peter Lenhof GeneTrail—advanced gene set enrichment analysis [Abstract]

-Jüri Reimand, Meelis Kull, Hedi Peterson, Jaanus Hansen, and Jaak Vilo g:Profiler—a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments [Abstract]

-Swetlana Nikolajewa, Rainer Pudimat, Michael Hiller, Matthias Platzer, and Rolf Backofen BioBayesNet: a web server for feature extraction and Bayesian network modeling of biological sequence data [Abstract]

"Big is better"? Vivere con un cervello grande come un uovo

luglio 21, 2007

Oggi “The Lancet”, una delle più importanti riviste in campo medico, ha pubblicato un articolo che sembra essere destinato a far discutere gli esperti. Il case report racconta di un paziente francese di 44 anni, che per caso ha scoperto di essere dotato di un cervello con un volume pari ad 1/10 del normale. Si tratta di un caso unico nel suo genere, soprattutto se si considera che il paziente, un normale impiegato con un quoziente intellettivo di poco al di sotto della media (75 contro i 100 di media), conduce una vita assolutamente normale insieme alla sua famiglia; l’unica patologia riscontrata durante l’anamnes è una idrocefalia in età adolescenziale che è anche la più attendibile causa della condizione asintomatica ma patologica dell’uomo.
Questo caso riapre una serie interminabile di discussioni che in passato hanno infiammato la comunità scientifica sulla correlazione tra massa cerebrale e capacità intellettive. Sebbene molti scienziati abbiano a lungo sostenuto che l’evoluzione delle facoltà intellettive dell’uomo sia quasi unicamente da imputare all’aumento incessante del volume della scatola cranica, più volte tale tesi è stata messa in dubbio utilizzando esempi più o meno significativi.
Il caso dell’impiegato francese, tuttavia, non mette in crisi soltanto medici e biologi, ma anche tutti coloro che, nella comunità dell’IA hanno sempre sostenuto che sistemi in grado di imitare fedelmente il comportamento umano devono essere, per forza di cose, enormemente complessi. E’ tuttavia vero che negli ultimi anni, anche nel campo delle reti neurali, si è andata sempre più affermando la teoria per cui più che le dimensioni del sistema, quello che conta è il grado di interconnessione che lo caratterizza. Questo nuovo ed interessante caso potrebbe essere una ulteriore conferma alla tesi di cui sopra.

(mini)Album di un matrimonio speciale!

luglio 19, 2007

x Domenico e Valentina! Ancora un milione di milione di auguri!!!

Data mining contro l’ALS

luglio 13, 2007

Girovagando per il web ho trovato questo articolo che ha suscitato il mio interesse:

http://www.medicalnewstoday.com/medicalnews.php?newsid=75539

si tratta di una interessante analisi di come una collaborazione tra UCLA e l’Università di Firenze abbia portato a risultati di rilievo scientifico e soprattutto utili nella lotta contro la sclerosi laterale amiotrofica, una malattia neurodegenerativa con un impatto sociale piuttosto alto. Un altro bell’esempio di come un modelling predittivo intelligente possa essere applicato con successo nella ricerca sulle malattie più difficili da curare.

La quiete dopo la tempesta

luglio 7, 2007

E’ stato un periodo davvero colmo di impegni ma per fortuna ne sono uscito (quasi) indenne! Il capitolo del libro è ultimato e lo sviluppo id jvonci procede speditamente…probabilmente riusciremo a rispettare tutte le milestones (o almeno lo spero). Che dire? Mi godo questo week end prima di ributtarmi nella mischia!